"রুদ্রের অনুস্তর" উপন্যাসটি রুদ্র নামের এক যুবকের জীবন সংগ্রামের গল্প। শৈশব থেকে শুরু করে জীবনের নানা উত্থান-পতনের মধ্য দিয়ে তার বেড়ে ওঠার চিত্র এই উপন্যাসে তুলে ধরা হয়েছে। রুদ্রের জীবনে বারবার নেমে এসেছে বিচ্ছেদ আর হারানোর বেদনা। তার মা, বাবা, বোন ও দুলাভাইকে হারানোর পর সে সম্পূর্ণ একা হয়ে যায়। প্রেমের ক্ষেত্রেও সে বারবার হোঁচট খেয়েছে। বিশ্ববিদ্যালয়ের জীবনে অঞ্জলি নামের এক মেয়ের সাথে তার সম্পর্ক হয়, কিন্তু ধর্মীয় ভিন্নতার কারণে তাদের সম্পর্ক পূর্ণতা পায়নি। এরপর রুদ্রের জীবনে আসে সাইকোলজিস্ট তণু। তণুর চিকিৎসায় সে মানসিক অবসাদ থেকে সুস্থ হয়ে ওঠে এবং পরে তাকেই বিয়ে করে। কিন্তু রুদ্রের দুই সন্তানকে রেখে তণু হঠাৎই নিখোঁজ হয়ে যায়, যা তার জীবনে আরেক রহস্যের জন্ম দেয়। ব্যবসায়িক জীবনেও রুদ্রকে কঠিন পরিস্থিতির মধ্য দিয়ে যেতে হয়েছে। দেশের অর্থনৈতিক মন্দা এবং রাজনৈতিক অস্থিরতার কারণে তার কোম্পানি দেউলিয়া হয়ে যায় এবং তাকে জেলে যেতে হয়। সবকিছু হারিয়ে নিঃস্ব রুদ্র তার দুই কন্যাকে নিয়ে নতুন করে বাঁচার পথ খুঁজতে থাকে। এই সময়েই আবার তার জীবনে ফিরে আসে অঞ্জলি, যে নিজেও মানসিক অবসাদের শিকার। রুদ্র তাকে সুস্থ করে তোলার চেষ্টা করে। সবশেষে, রুদ্রের জীবনের গল্পটি এক অদ্ভুত সমীকরণের সামনে এসে দাঁড়ায়। একের পর এক প্রিয়জন হারানো, ব্যবসায়ে বিপর্যয় এবং মানসিক টানাপোড়েনের মধ্য দিয়ে সে নিজেকে একাকী এবং হতাশ দেখতে পায়।