শ্রীকৃষ্ণকীর্তন নিয়ে গবেষণা করতে গিয়ে আচমকাই অপহৃত হল তরুণ গবেষক সুকান্ত সেনাপতি। কেন? কারাই-বা অপহরণ করল? প্রবীণ শিক্ষক সোমনাথবাবুর কাছে হাজির হয় সুকান্তর স্ত্রী শর্মিষ্ঠা। সোমনাথবাবু ডেকে পাঠালেন প্রিয় ছাত্র শুভময় ভাদুড়িকে। এবং সুকান্তর অসমাপ্ত কাজের দায়িত্ব দিলেন। সেই কাজে হাত দিয়ে শুভময় বুঝতে পারল সুকান্ত এক আশ্চর্য পুথির খোঁজ পেয়েছে। সেই পুথিই রয়েছে সুকান্তর অপহরণের পিছনে। ধীরে-ধীরে সুকান্তর মতো শুভময়ও জড়িয়ে পড়ল এক জটিল এবং ভয়ংকর জালে। যে ভয়ংকর জাল থেকে বেরিয়ে আসার সূত্র শ্রীকৃষ্ণকীর্তনের পুথি থেকে দিয়েছে সুকান্ত। ‘আগুন পাহাড়ের পুঁথি’র পর আবার শুভময় ভাদুড়ির থ্রিলার লিখেছেন সিজার বাগচী। ‘শ্রীকৃষ্ণকীর্তন রহস্য’-এর টানটান কাহিনি ঘুরে বেড়িয়েছে ত্রয়োদশ শতাব্দীর শেষ থেকে এই সময় পর্যন্ত।